由于《刺客信条》的故事发展至此已经到了第三代，所以《刺客信条：兄弟会》一开始就来了段前情提要，交代系列故事的来龙去脉：故事的主角戴斯蒙德·迈尔斯因为拥有阿萨辛祖先的基因记忆，所以被当代的圣殿骑士组织A